Việc xây dựng Final Fantasy IX đã bắt đầu trước khi Square hoàn thành Final Fantasy VIII.[10] Trò chơi được phát triển ở Hawaii như một sự thỏa hiệp với các nhà phát triển sống ở Hoa Kỳ.[10] Là trò chơi cuối cùng của sê-ri trên PlayStation, Sakaguchi đã hình dung ra một "sự phản chiếu" của các trò chơi cũ từ loạt game. Trước khi phát hành, Sakaguchi gọi Final Fantasy IX là trò chơi Final Fantasy yêu thích của mình là "nó gần nhất với quan điểm lý tưởng của ông về Final Fantasy nên là gì".[11] Sự thay đổi này cũng là một phản ứng với nhu cầu từ người hâm mộ và các nhà phát triển khác. Ngoài ra, nhóm muốn tạo ra một câu chuyện dễ hiểu với hệ thống nhân vật có chiều sâu; điều này dẫn đến việc tạo ra các sự kiện thời gian hoạt động(ATE).[10] Kịch bản cho trò chơi được viết bởi Sakaguchi. Ông bắt đầu lên kế hoạch sớm cho nó vào khoảng tháng 7 năm 1998.[12][13] Đạo diễn Ito Hiroyuki còn lên ý tưởng rằng nhân vật Zidane phải là một nhân vật ưa tán tỉnh phụ nữ.[14]

Trong giai đoạn ý tưởng của trò chơi, các nhà phát triển đã nói rõ rằng tựa game này không nhất thiết phải là Final Fantasy IX, vì nó tách rời khỏi chủ nghĩa hiện thực của Final Fantasy VII và Final Fantasy VIII có thể khiến khán giả xa lánh. Điều này khiến người hâm mộ suy đoán rằng nó sẽ được phát hành dưới dạng "gaiden" (câu chuyện bên lề) cho loạt game chính.[15] Tuy nhiên, vào cuối năm 1999, Square đã xác nhận rằng trò chơi thực sự sẽ được xuất bản dưới dạng Final Fantasy IX và đến đầu năm 2000, trò chơi đã gần như hoàn thành. Các nhà phát triển đã thực hiện một số điều chỉnh cho trò chơi, chẳng hạn như thay đổi kết thúc đến bảy lần.[10] Giám đốc Ito đã thiết kế hệ thống chiến đấu được sử dụng trong trò chơi.

Các nhà phát triển của trò chơi đã tìm cách làm cho môi trường của trò chơi trở nên "thiên về tưởng tượng" hơn so với các phiên bản trước của PlayStation. Vì các nhà phát triển muốn ngăn chặn việc game trở nên dư thừa, Final Fantasy IX đã tách biệt rõ rệt với bối cảnh tương lai của Final Fantasy VII và Final Fantasy VIII bằng cách quay trở lại bối cảnh thời trung cổ.[6] Trong trò chơi, công nghệ hơi nước mới bắt đầu trở nên phổ biến rộng rãi; dân số phụ thuộc vào thủy điện hoặc năng lượng gió cho các nguồn năng lượng, nhưng đôi khi lại khai thác sương mù hoặc hơi nước để cung cấp năng lượng cho các động cơ tiên tiến hơn. Tiếp tục với chủ đề thời trung cổ, bối cảnh của trò chơi được lấy cảm hứng từ thần thoại Bắc Âu. Theo Ito, "[Đội ngũ phát triển] bị thu hút bởi lịch sử và thần thoại châu Âu vì chiều sâu và độ kịch tính của nó".[10] Trang web chính của Final Fantasy IX cho biết sự phát triển của thế giới trò chơi đóng vai trò là đỉnh cao của loạt game bằng cách pha trộn "các yếu tố thành công trong quá khứ như trở về chủ điểm gốc giả tưởng" với các yếu tố mới mẻ hơn.[9] Các nhà sáng tạo làm cho các nhân vật được ưu tiên cao.[10] Sự trở lại với chủ điểm gốc của loạt game cũng ảnh hưởng đến thiết kế của các nhân vật, dẫn đến việc các nhân vật có "ngoại hình giống nhân vật truyện tranh".[10] Nhà soạn nhạc Nobuo Uematsu nhận xét rằng các nhân viên thiết kế đã cố gắng tạo cho các nhân vật sự chân thực trong khi vẫn xuất hiện như nhân vật truyện tranh.[10] Để thực hiện điều này và để thỏa mãn những người hâm mộ vốn đã quen với tạo hình thực tế của Final Fantasy VIII, các nhà thiết kế nhấn mạnh việc tạo ra các nhân vật mà người chơi có cảm giác được là chính mình.[10]

Âm nhạc

Âm nhạc của Final Fantasy IX được viết bởi Nobuo Uematsu. Trong các cuộc thảo luận ban đầu với đạo diễn trò chơi Hiroyuki Ito, ông đã được yêu cầu sáng tác các nhạc chủ đề cho tám nhân vật chính cùng với "một bản nhạc chiến đấu thú vị, một bản nhạc ảm đạm, gợi nguy hiểm và khoảng mười bài hát khác." Uematsu đã dành khoảng một năm để sáng tác và sản xuất khoảng 160 bản nhạc cho Final Fantasy IX, với 140 cuối cùng xuất hiện trong trò chơi.[16][17]

Trong thời gian soạn nhạc, ông được nghỉ mát ở Châu Âu để lấy cảm hứng, nơi ông dành thời gian để chiêm ngưỡng kiến ​​trúc cổ ở những nơi như Đức. Uematsu đã trích dẫn âm nhạc thời trung cổ là điểm sáng của Final Fantasy IX. Ông nhắm đến một bầu không khí "đơn giản" và "ấm áp" và kết hợp các nhạc cụ không phổ biến như kazoo và dulcimer. Không giống như chủ nghĩa hiện thực khắc nghiệt của những tác phẩm tiền nhiệm của nó, VII và VIII, âm hưởng lãng mạn, kỳ ảo của Final Fantasy IX cho phép người nghe đắm chìm vào tâm tư và cảm xúc của giai điệu. Uematsu sáng tác chủ yếu bằng piano và sử dụng hai phương pháp tương phản: "Tôi tạo nhạc phù hợp với các sự kiện trong trò chơi, nhưng đôi khi, [nhà phát triển] sẽ điều chỉnh một sự kiện trò chơi để phù hợp với âm nhạc tôi đã viết."[17]

Uematsu đã kết hợp một số mô típ từ các game Final Fantasy cũ vào bản nhạc, chẳng hạn như đoạn mở đầu âm nhạc chiến đấu gốc, nhạc chủ đề Volcano được làm lại từ Final Fantasy và nhạc chủ đề Pandemonium từ Final Fantasy II.[16][17] Băng cướp Tantalus cũng được nghe bản nhạc "Lễ chào mừng của Rufus" từ Final Fantasy VII ở đoạn đầu trò chơi.

Trong nhiều trường hợp, Uematsu đã tuyên bố rằng Final Fantasy IX là phần ưa thích của ông ấy.[18][19]"Melodies of Life" là bài hát chủ đề của Final Fantasy IX, và chia sẻ giai điệu chính của nó với các bản nhạc thường được sử dụng trong trò chơi, như nhạc chủ đề bản đồ thế giới và bài hát ru được hát bởi Dagger.[20] Bài hát chủ đề được trình diễn bởi Emiko Shiratori trong cả hai phiên bản tiếng Nhật và tiếng Anh được soạn bởi Shirō Hamaguchi.[20]